Κατά τη σταλινική περίοδο άρχισαν οι εκκαθαρίσεις των εθνικών μειονοτήτων με τη δικαιολογία δήθεν την ανάπτυξη απ’ αυτούς αντεπαναστατικών ομάδων. Το 1936 το κομουνιστικό κόμμα ξεκίνησε μια πολιτική εθνικής κάθαρσης στη Γεωργία σε βάρος των μικρών μειονοτήτων και ιδιαίτερα των Ελλήνων του Πόντου, οι οποίοι για να γλιτώσουν από τους Τούρκους είχαν εγκαταλείψει τις πόλεις και τα χωριά τους χωρίς να φέρουν πάνω τους στοιχεία της εθνικής τους ταυτότητας. Άρχισαν έτσι συλλήψεις και εκτελέσεις, καταστράφηκαν ελληνικά σχολεία, ενώ εφημερίδες, εκδοτικοί οίκοι και θέατρα αναγκάστηκαν να κλείσουν. Την περίοδο 1937-1938 έγιναν εθνικές εκκαθαρίσεις των Ελλήνων στην περιοχή της Μαριούπολης. Όλοι οι άνδρες από 17 χρονών και πάνω δικάστηκαν σε στημένα δικαστήρια και εξορίστηκαν σε στρατόπεδα καταναγκαστικής εργασίας (Γκουλάγκ) με την κατηγορία ότι προσπάθησαν να δημιουργήσουν ανεξάρτητο ελληνικό κράτος. Οι εκκαθαρίσεις αυτές επεκτάθηκαν και σε άλλες περιοχές, αλλά τις σταμάτησε προσωρινά ο Β’ Παγκόσμιος Πόλεμος.

Εκμεταλλευόμενος ο Στάλιν την περίοδο του πολέμου εξέδωσε στις 29 Μαΐου 1942 το υπ’ αριθ. 1828 διάταγμα της κρατικής Επιτροπής Άμυνας με βάση το οποίο εξορίστηκαν Έλληνες του Κρασνοντάρ και του Ροστόβ στην ανατολική Σιβηρία. Νέα διατάγματα συνέχισαν αυτούς τους εκτοπισμούς προς τις δημοκρατίες της κεντρικής Ασίας και το Καζακστάν. Μόνο από το Κρασνοντάρ εξορίστηκαν 33.565 Έλληνες, Ένα νέο διάταγμα υπ’ αριθ. 5984 της κρατικής Επιτροπής Άμυνας στις 2 Ιουνίου 1944 επέβαλε τον εκτοπισμό των Ελλήνων, Βουλγάρων και Αρμενίων της Κριμαίας προς το Ουζμπεκιστάν, με την κατηγορία της δήθεν συνεργασίας τους με τους Γερμανούς. Ο εκτοπισμός αυτός τιτλοφορήθηκε «μετοίκηση» και έγινε μέσα σε πέντε μέρες (1-5 Ιουλίου). Στις 24 Ιουνίου 1944 ένα νέο διάταγμα του Στάλιν επιβάλλει στο Υπουργείο Εσωτερικών να «μεταφέρει» από την Κριμαία ντόπιους πληθυσμούς τουρκικής, ελληνικής και ιρανικής υπηκοότητας στη Δημοκρατία του Ουζμπεκιστάν. Ο εκτοπισμός Ελλήνων συνεχίστηκε την ίδια εποχή και από τις δημοκρατίες της Γεωργίας, του Αζερμπαϊτζάν και της Αρμενίας προς την έρημη και πρωτόγονη περιοχή του Καζακστάν και άλλες περιοχές των Σοβιετικών δημοκρατιών (16.375 Έλληνες).

Το ανθυγιεινό κλίμα του νότιου Καζακστάν, οι άθλιες συνθήκες διαβίωσης, η έλλειψη πόσιμου νερού και οι λοιμοί αποδεκάτισαν τότε το μεγαλύτερο όγκο των εξαντλημένων Ελλήνων.

Σύμφωνα με τον Ν. Μπουκάι, ο σκοπός του Στάλιν ήταν να εκτονώσει υποτίθεται την εθνικιστική ένταση στον Β. Καύκασο και την Κριμαία και να απομακρύνει τους εκπροσώπους των διαφόρων εθνοτήτων από τις παραμεθόριες περιοχές. Πουθενά όμως τα επίσημα έγγραφα δεν αναφέρουν καμιά αντεπαναστατική δράση των Ελλήνων ή σχέση τους με οποιαδήποτε ξένα εχθρικά κέντρα. Το ότι όλα αυτά ήταν απλά προφάσεις, φαίνεται και από το γεγονός ότι οι εκτοπισμοί συνεχίστηκαν και μετά το τέλος του πολέμου και τη συντριβή του Χίτλερ.

Τον Μάιο του 1990 ο ελληνικής καταγωγής δήμαρχος της Μόσχας Γαβριήλ Ποπόφ μιλώντας στο Συνέδριο του Πανσοβιετικού Συνδέσμου Ελλήνων, ανέφερε μεταξύ άλλων τα εξής:

«Οι Έλληνες, όπως και οι άλλοι λαοί, πήραν ενεργό μέρος στην Επανάσταση του 1917, στο επαναστατικό κίνημα, σ’ αυτό το τεράστιο πείραμα, τα αποτελέσματα του οποίου δεν μπορούμε να εκτιμήσουμε ακόμη στις μέρες μας… Η πρώτη γυναίκα οδηγός τρακτέρ στη Σοβιετική Ένωση ήταν η Ελληνίδα Πάσα Αγγελίνα. Ο πρώτος άνθρωπος, που πάτησε στον Βόρειο Πόλο ήταν ο Έλληνας Iβάν Παπάνιν. ο πρώτος, που πέταξε με υπερηχητικό αεροπλάνο ήταν ο Έλληνας Γρηγόρης Κοκκινάκης. Όμως, από την άλλη, χιλιάδες, δεκάδες χιλιάδες Έλληνες πέθαναν από την πείνα τα χρόνια της κολεκτιβοποίησης, διώχθηκαν, φυλακίστηκαν, έπεσαν θύματα των παρανομιών του Μπέρια. Γι αυτό μπορούμε να πούμε τα εξής: «Όσα πέρασε όλη η χώρα, τα περάσαμε και εμείς. Δυστυχώς, όμως, το τίμημα για τους Έλληνες ήταν πολύ βαρύ”».

Μετά το τέλος του εμφυλίου πολέμου στην Ελλάδα και την ήττα των αριστερών δυνάμεων, πολλοί αριστεροί του δημοκρατικού στρατού διέφυγαν στις σοσιαλιστικές χώρες και ιδιαίτερα στο μεγάλο καμάρι τους τη Σοβιετική Ένωση, λογαριάζοντας όμως χωρίς τον ξενοδόχο. Ο Στάλιν βρήκε έτσι την αφορμή να ολοκληρώσει το έργο του εκτοπισμού των Ελλήνων της Μαύρης θάλασσας δίνοντας εντολή να εκτοπιστούν μαζικά, χωρίς εξαίρεση οι Έλληνες των σοβιετικών ακτών του Ευξείνου πόντου στις στέπες του Καζακστάν: «Με συνοδεία τμημάτων του στρατού και της Ασφαλείας στριμώχθηκαν μέσα σε κλειστά φορτηγά τρένα, ειδικά για μεταφορά ζώων, μάλιστα με δικά τους έξοδα, χωρίς να ξέρουν τον τόπο προορισμού τους”.

Ο γιατρός Π. Μπουμπουρίδης από το Σοχούμ λέει για αυτά τα σταλινικά μέτρα εναντίον των Ελλήνων Ποντίων:

«Στις 13 με 14 Ιουνίου 1949, στις 9 η ώρα τη νύχτα, χτύπησαν οι άνθρωποι της ΕΝ ΓΚΑ ΒΕ ΝΤΕ. Εξοριζόμαστε σε μακρινές περιοχές της Σοβιετικής Ένωσης. Στην ερώτηση μας για ποιο λόγο, δεν μας απάντησαν. Βούιζε η πόλη, ούρλιαζαν τα σκυλιά. Στις πόρτες των ποντίων περίμεναν τα φορτηγά αυτοκίνητα να τους πάρουν. Έκλαιγαν τα παιδιά και οι μανάδες. Έκλαιγαν οι γείτονες που τους έδιωχναν να μη μας βοηθήσουν». Τους πήγαν τελικά στο θανατηφόρο για την υγεία τους Νότιο Καζανκστάν και σ’ άλλα μέρη της Κεντρικής Ασίας. Τους δόθηκαν μόνο λίγα λεπτά διορία να μαζέψουν τα λίαν απαραίτητα που θα μπορούσαν να πάρουν μαζί τους.

Το Ελληνικό Υπουργείο Εξωτερικών διαμαρτυρήθηκε έντονα για τον εκτοπισμό αυτό των Ελλήνων στο Σοβιετικό Υπουργείο των Εξωτερικών, που όμως δεν έδωσε καμία απάντηση…

Στις 12 Οκτωβρίου 1949 επίσης το ελληνικό Υπουργείο Εξωτερικών εξέφρασε τη “βαθιά του ανησυχία” στο σοβιετικό διπλωματικό ακόλουθο στην Αθήνα για τον εκτοπισμό των 17.000 Ελλήνων της Γεωργίας κάτω από στρατιωτική συνοδεία, με κατάφωρη παραβίαση της συμφωνίας των Η.Ε. για τη γενοκτονία και τα ανθρώπινα δικαιώματα.
Ο εκτοπισμός αυτός βαπτίστηκε από το Σταλινικό καθεστώς “εθελοντική αναχώρηση” και οι Έλληνες, κάτω από την απειλή βίας, αναγκάστηκαν να υπογράψουν τις αντίστοιχες δηλώσεις της αστυνομίας. Συνολικά εκτοπίστηκαν από τις παραλίες της Μαύρης θάλασσας 41.618 άτομα, μόνο στις περιοχές της Κεντρικής Ασίας.

Οι εκτοπισμοί των Ελλήνων συνεχίστηκαν και τα επόμενα χρόνια. Στις 10 Αυγούστου 1951 μάλιστα το Συμβούλιο Υπουργών του ΚΚΣΕ αποφάσισε με πρόταση του Στάλιν να εκτοπιστούν από την περιοχή της Γεωργίας οι Έλληνες, οι Τούρκοι και οι Αρμένιοι, που σύμφωνα με τα διατάγματα Νο 2214-856/29.5.1949 και Νο 727-269/21.5.1950 απουσίαζαν από τον τόπο διαμονής τους, όταν είχαν γίνει εκείνες οι καθορισμένες ομαδικές εκτοπίσεις.

Ο καθηγητής του Ινστιτούτου Μαρξισμού-Λενινισμού της Μόσχας Γκ. Τραπέζνικοφ, θέλοντας να ερμηνεύσει τις σταλινικές θηριωδίες εις βάρος των Ελλήνων, δέχεται ως μια από τις αιτιολογίες των γενοκτονιών μέτρων την οικονομική απληστία των σταλινικών:

“Εμείς οι Έλληνες είμαστε από τα μεγάλα θύματα της ιστορίας της Ρωσίας. Φίλεργοι, συνεργαζόμαστε όχι με κανένα “ξένο κέντρο” αλλά με όλους τους Έλληνες της διασποράς. Σε όλες τις γωνιές του κόσμου δημιουργήσαμε πλούτη, περιουσίες. Γι’ αυτό μας καταδίωξαν οι εχθροί μας, για να μας τα αφαιρέσουν. Μόνο στη Μόσχα μας πήρανε δεκάδες ωραία κτίρια που ανήκαν σε Έλληνες. Από αυτά και μόνο ζημιωθήκαμε 12 εκατομ. χρυσά ρούβλια….Κατά τη διάρκεια των εκτοπίσεων ένας μεγάλος αριθμός ηλικιωμένων και παιδιών πέθαναν κάτω από άθλιες συνθήκες που τους επιφύλαξε η πικρή μοίρα της υποχρεωτικής μετανάστευσης σε ασυνήθιστες συνθήκες διαπεραστικού ηπειρωτικού κλίματος χωρίς χειμωνιάτικη ενδυμασία”

Ένα από τα θύματα της σταλινικής αυτής πολιτικής εναντίον των Ελλήνων περιγράφει ρεαλιστικά τις σκηνές φρίκης στους νέους τόπους εγκατάστασης:

“Εκατοντάδες τάφοι με ξύλινους σταυρούς (αν ακόμη βρίσκονται) θα σας δείχνουν τη διαδρομή από τον ζεστό τόπο μας ως την έρημο της Μέσης Ασίας και τα άγνωστα μέρη της δυτικής Σιβηρίας. Δεν ξεχνιούνται τα δυστυχισμένα θύματα της δυσεντερίας, οστρακιάς, τύφου και της φοβερής λέξης “περιορισμός” στους νέους τόπους εγκατάστασης. Και ξανά δυσβάσταχτη εργασία, αξιοποίηση χέρσων εκτάσεων, πάλι χτίσιμο κατοικιών, καυτός ήλιος και θάνατος χιλιάδων συγγενών, γερόντων και παιδιών”...

Το δράμα των Ελλήνων συγκίνησε ιδιαίτερα και τον Αλέξανδρο Σολτζενίτσιν, ο οποίος στο μυθιστόρημά του “Αρχιπέλαγος Γκουλάγκ”, έκανε αναφορά και στους εκτοπισμένους Έλληνες.

Αξίζει πάντως να σημειωθεί ότι στο Δ’ Παγκόσμιο Συνέδριο του Ποντιακού Ελληνισμού, η Λιάνα Κανέλη είχε την τόλμη να παραδεχθεί την γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου από το Σταλινικό καθεστώς πηγαίνοντας ενάντια στη γραμμή του κόμματός της: “Να λέμε τα πράγματα με τ’ όνομά τους” και όχι “με προσχήματα διπλωματικά”, είπε: “Και όταν μιλάμε για γενοκτονία των Ποντίων να αρχίσουμε να την φτάνουμε και στη γενοκτονία που έχει γίνει σε άλλες περιοχές, όπως στην πρώην Σοβιετική Ένωση.

Συγνώμη, αλλά και εκεί είχαμε μια μορφή γενοκτονίας με τον δικό της τρόπο. Χάθηκαν άνθρωποι και χάνονται ακόμη, αν συνεχίσουμε θα τους χάσουμε όλους. Παίρνω την ευθύνη και το βάρος αυτού του σχολιασμού...”

Το Δ’ Παγκόσμιο Συνέδριο του Ποντιακού Ελληνισμού έχει αποφασίσει επίσης ομοφώνως, εις πείσμα των κραυγαζόντων ανθελληνικών σταλινικών γουρουνιών την καθιέρωση της 13ης Ιουνίου ως Ημέρας Μνήμης για τις σταλινικές διώξεις κατά των Ελλήνων της ΕΣΣΔ. Από την άλλη μεριά ο Πόντιος διδάκτορας ιστορίας Βλάσης Αγτζίδης παρατηρεί για την αποκατάσταση του Στάλιν από το ΚΚΕ:

«Η αποκατάσταση του Στάλιν και των σταλινικών πρακτικών ξαναφέρνει αυτά τα ζητήματα στην πολιτική μας καθημερινότητα. Η διαμόρφωση ενός σκληρότατου σταλινικού ιδεολογικού πυρήνα αναφοράς για τα μέλη και τους οπαδούς του ΚΚΕ θα διευρύνει τη ρήξη εντός της κοινωνίας μας. Θα έρθει σε αναπόφευκτη ιδεολογική σύγκρουση με κοινωνικούς χώρους, όπως είναι οι Πόντιοι, οι οποίο στο 4ο Παγκόσμιο Συνέδριό τους το 1997, καταδίκασαν τις σταλινικές διώξεις. Θέσπισαν επίσης και μια Ημέρα Μνήμης για τα θύματα του σταλινισμού, την 13η Ιουνίου, ημέρα που το ’49 οι σταλινικές αρχές της Σοβιετικής Ένωσης εκτόπισαν το μεγαλύτερο μέρος των Ελλήνων του Καυκάσου στην Κεντρική Ασία.”